La thérapeutique est basée sur la théorie des quatre éléments (la terre, l’eau, l’air et le feu) et les plantes sont classées selon leurs pouvoirs : plantes chaudes et domestiques, médicaments simples et réfrigérants, plantes chaudes et étrangères, racines apéritives et simples purgatives. A la même époque, on dénombre environ 1000 espèces de plantes cultivées dans le jardin des simples créé par Nicolas Houël et légué, après son décès en 1587, à la communauté des apothicaires de Paris.

simples est si belle et si relevée, qu'elle a fait l’étude et la curiosité des plus beaux esprits de tous les siècles : plusieurs Princes s’y sont appliqués avec beaucoup de plaisir et d’utilité, comme Messué, Mithridate… elle est d’une nécessité indispensable à tous ceux qui se mêlent de cette science mais principalement aux apothicaires… » Les drogues simples sont classées par ordre alphabétique : l’origine, le choix, les principes et les qualités ainsi que l’étymologie sont précisés. Figurent également dans ce traité les nouvelles drogues exotiques : vanille, ananas, thé, café, cacao et tabac, mais aussi feuilles de coca, salsepareille, ipecacuanha et quinquina, venues du continent américain, d’Inde, de Ceylan ….
Le quinquina connaîtra la célébrité, deux siècles après son arrivée en Europe, lorsque deux pharmaciens Joseph Pelletier et Bienaimé Caventou découvriront la quinine qui sauvera des millions de vies humaines exposées au paludisme.