Actualisation de la doctrine de criblage

Après une 5ème vague de Covid-19 d’une ampleur inédite, la situation sanitaire se stabilise depuis plusieurs semaines entraînant une baisse de la demande de test par rapport au pic de l’épidémie. Par conséquent, la stratégie de criblage évolue.

Le criblage constitue un élément de surveillance en temps quasi-réel de la circulation des mutations d’intérêt ciblées. Il est désormais demandé aux laboratoires de réaliser un criblage d’au moins 50% (seuil minimal) des prélèvements RT-PCR positifs avec Ct ≤30 . Il convient de privilégier un modèle de sélection aléatoire  permettant d’assurer une surveillance des mutations en circulation et de répartir l’activité de criblage sur l’ensemble des jours de la semaine.

Le dispositif de malus est, quant à lui, adapté à 50 % pour tenir compte de cet ajustement.

La co-circulation en France de Delta et Omicron entre décembre 2021 et janvier 2022 a rendu possible la survenue de co-infections, pouvant éventuellement conduire à des évènements de recombinaison entre ces deux variants. Si ces évènements restent rares, ils peuvent être détectés plus fréquemment dans les populations à risque (immunodéprimés) et justifient une surveillance renforcée du fait de leur impact potentiel.

Ainsi, un résultat de criblage C1D1 peut correspondre à une co-infection Delta/Omicron ou potentiels recombinants qui pourraient en découler. Il est donc nécessaire de réaliser un séquençage systématique.

En complément de cette évolution la doctrine de séquençage est précisée dans le précédent DGS-Urgent n°2021-131, en date du 17 décembre 2021.

Consulter l’actualisation du DGS-Urgent n°2021-131 dans son intégralité. Ce présent “REPLY au DGS-Urgent n°2021-131” annule et remplace le “REPLY du 06 janvier 2022”.