Actualisation de la doctrine de criblage des prélèvements positifs pour la recherche de SARS-COV2
Le ministère de la Santé et de la Prévention a diffusé des informations aux professionnels de santé afin d'actualiser la doctrine de criblage telle que définie initialement lors du dernier DGS-Urgent reply n°2021-131 reçu le 17 mars 2022.
Ce DGS-Urgent n°2022-59, diffusé le 8 juin 2022, précise les éléments suivants :
- l'arrêt du séquençage systématique pour les résultats de criblage A0B9C1D1 ;
- le maintien du séquençage systématique des prélèvements avec un résultat de criblage A1B9CxDx.
En effet, en mars 2022, l’objectif du séquençage systématique des résultats de criblage C1D1 était de pouvoir identifier une potentielle co-infection Delta/Omicron. D’après les résultats des enquêtes Flash, le variant Delta n’est plus détecté sur le territoire national depuis S10. Cependant, des dessous-lignages Omicron porteurs de mutations en position L452 (L452R pour les sous-lignages BA.2.11, BA.4 et BA.5, L452Q pour le sous-lignage BA.2.12.1), comme le variant Delta, ont émergé. Ainsi, les résultats de criblage C1D1 ne sont plus évocateurs de suspicion de co-infections Delta/Omicron mais en faveur de sous-lignages d’Omicron.
Or, depuis plusieurs semaines, on observe une augmentation de la détection des sous-lignages BA.4 et BA.5. Cela entraîne une augmentation des résultats de criblage C1D1 et dès lors un risque de saturation des plateformes de séquençage. De plus, ces sous-lignages circulent actuellement à des niveaux suffisamment élevés pour être monitorés par les enquêtes Flash. Ainsi, les données collectées par le séquençage aléatoire sont suffisantes et ne justifient pas un suivi complémentaire par séquençage interventionnel. Cependant, afin de maintenir un dispositif de surveillance génomique réactif, il est nécessaire de réaliser un séquençage systématique des résultats de criblage A1B9CxDx.
Source : DGS-Urgent n°2022-59