État des lieux et chiffres clés

Quelles sont les résistances les plus préoccupantes ?

Une vaste étude internationale (Murray CJL et al. Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis. Lancet 2022 ; 399 : 629-55.), portant sur les données de 204 pays en 2019, a montré que 70 % des décès attribuables à une infection échappant au traitement antibiotique ont pour origine une résistance aux fluoroquinolones (FQ) et/ou aux bêta-lactamines. Par ordre de fréquence décroissante, les six germes les plus fréquemment en cause sont Escherichia coli (E. coli), suivi par Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Streptococcus pneumoniae, Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa, mais la situation varie d’un pays à l’autre et même d’une région à l’autre. Quelques données sur la situation en France…

-> La résistance bactérienne en soins de ville…

(Surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques en soins de ville et en établissements pour personnes âgées dépendantes – Données 2019 et 2020 (Santé publique France, mission PRIMO).)

C’est E. coli qui est isolée dans 90 % des résultats des laboratoires de biologie médicale, notamment du fait de sa place prédominante dans les infections urinaires. Après des années d’augmentation de la résistance, on a constaté, en 2019, une tendance à la baisse ou, tout au moins, à la stabilisation :

• 3,3 % de résistance aux céphalosporines de troisième génération (C3G), contre 4,2 % en 2015 (Données PRIMO 2020);
• 11,8 % de résistance aux fluoroquinolones (FQ), contre 12,5 % en 2015 (Données PRIMO 2020).

Le pourcentage de souches productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) a suivi ces tendances globales, même si des disparités régionales doivent être prises en compte.

->  … et en établissements de santé

(Surveillance de l’antibiorésistance en établissements de santé. Mission SPARES. Résultats 2019 et 2020)

Dans un contexte d’activité hospitalière grandement modifiée par la pandémie de Covid-19, les proportions de Staphylococcus aureus résistants à la méticilline (SARM) et d’entérobactéries BLSE ont, en 2020, confirmé les tendances à la baisse observées depuis 2016 :

• 14 % (Données SPARES 2020) de SARM , contre 14,9 % en 2019 (Données SPARES 2019) ;
• 8,3 % d’entérobactéries productrices de BLSE (8,5 % en 2019 (Données SPARES 2019), trois espèces représentant plus de 90 % des infections à entérobactéries BLSE : E. coli (44,6 %), Klebsiella pneumoniae (32,7 %), Enterobacter cloacae complex (15,3 %).

Les entérobactéries productrices de carbapénémase (EPC) font l’objet d’une surveillance particulière, dans la mesure où les carbapénèmes sont des antibiotiques de dernier recours et qu’il existe un risque de diffusion de ces bactéries, hautement résistantes, en médecine de ville. La proportion de ces EPC a été en augmentation constante depuis 2012. En 2020, cette proportion de 0,2 % reste difficile à interpréter du fait de la prise en charge de pathologies complexes, lors de la crise sanitaire. Toutefois, l’évolution des EPC semble relativement contenue (Jousset AB et al. Caractéristiques et évolution des souches d’entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC) isolées en France, 2012-2020. Bull Epidémiol Hebd. 2021 ; (18-19) : 351-8).

Évolution des consommations d’antibiotiques en santé humaine

La consommation des antibiotiques en soins de ville (Cavalié Ph et al., Évolution de la consommation d’antibiotiques dans le secteur de ville en France 2010-2020. Bull Epidémiol Hebd. 2021 ; (18-19) : 329-35) représente 92 % de la consommation totale en santé humaine. Elle est établie à partir des données du Système national des données de santé (SNDS) et est exprimée en nombre de doses définies journalières (DDJ) (La dose définie journalière correspond à une dose théorique pour une journée de traitement. Elle permet de traduire une quantité de médicaments en nombre de doses de traitement.), par millier d’habitants et par jour (méthodologie préconisée par l’OMS).
On note une stabilisation de la consommation d’antibiotiques, avec une tendance à la baisse depuis 2016, qui s’est accentuée en 2020 (voir encadré « Les chiffres clés de l’antibiorésistance »). Toutefois, cette diminution observée en 2020 doit être interprétée avec prudence, la pandémie de Covid-19 ayant fortement modifié les comportements (confinement, gestes barrières) et réduit le nombre de consultations médicales et de prescriptions.

Dans les établissements de santé, la consommation globale d’antibiotiques suit également une tendance à la baisse. Cependant, l’année 2020 n’a pas connu de réduction franche comme en ville. La part prise par les macrolides (azithromycine, principalement) et certains antibiotiques critiques à large spectre (carbapénèmes, par exemple) a été plus importante. Ceci pourrait être dû à la prise en charge de patients atteints ou suspects de surinfections bactériennes de pathologies liées au SARS-CoV-2.

Que retenir de la dernière décennie ?

Les résultats obtenus à la suite des différents plans gouvernementaux sont encourageants, tant en matière d’épidémiologie bactérienne que de consommation d’antibiotiques. Par rapport à d’autres pays européens, les situations d’impasse thérapeutique restent exceptionnelles. L’utilisation d’antibiotiques particulièrement générateurs de résistance ou de dernier recours selon la classification AWaRe de l’OMS (2021 AWaRe classification (WHO access, watch, reserve, classification of antibiotics for evaluation and monitoring of use) ne représente que 30 % de la consommation totale. Par ailleurs, la consommation d’antibiotiques par les animaux d’élevage destinés à la consommation humaine a été très nettement réduite, comme dans l’ensemble de l’Union européenne (UE).
La marge de progrès reste toutefois importante. La France se situe encore parmi les pays les moins économes pour l’utilisation des antibiotiques chez l’homme : 23^e rang sur 27 pays européens (Antimicrobial Resistance in the EU/EEA-A One Health Response. ECDC briefing note 2022) !