En latin, « scrupulus » désigne un petit caillou pointu, celui qui gêne le pied dans une chaussure, mais aussi un tout petit poids, qui vaut 1/24e d’once (1 once = 30 grammes environ), une unité de mesure fréquemment utilisée par les apothicaires. Puis autour du XIVe siècle, le mot commence à être utilisé pour désigner une forme d’embarras, de souci, d’inquiétude sur l’attitude à adopter face à une situation, en raison de considérations morales. 

« Avoir des scrupules » reviendrait donc à avoir dans l’esprit quelques-uns de ces petits cailloux qui dérangent et qui font se questionner sur le bien-fondé d’une action.